Prototype Una de las mejores librerías de Java Script a mi criterio.
script.aculo.us Librería de Efectos, basada en prototype. (La usa Apple entre otros)
Mootools Librería con componentes, Acordeon, Drag Drop,etc
JQuery Librería con muchos addons Menues despleglables, etc
The Yahoo! User Interface Library (YUI)
Dojo
Rico
JSON Librería para el envio de datos en background sin XML símil AJAX